食品科学与药学学院是在食品科学与工程学院和药学院的基础上于2010年合并成立。原食品科学学院的创建人是我国著名的果蔬贮藏加工专家张维一教授，在融合了学校园艺产品贮藏加工、畜牧系畜产品贮藏加工、食品化学等学科方向的办学资源，于1990年创办了农产品加工系和农产品贮藏加工专业，1993年更名为食品科学系，2003年更名为食品科学学院。原药学院创建于2002年7月，当年招收药学专业高职专科学生，2003年成立药学院，开始招收药学专业本科学生。

学院积极融入新疆特色林果业发展战略，2014年5月申请开设了具有新疆特色的葡萄与葡萄酒工程专业。于2015年9月招收第一批本科生。

学院拥有3个专业硕士学位授权点，4个本科专业，“食品科学与工程”是自治区重点学科和自治区重点产业紧缺人才建设专业。“葡萄与葡萄酒工程专业”2016年自治区重点产业紧缺人才建设专业（战略新兴专业）。

学院设有1个本科实验教学中心，1个中试研发中心，9个研究室，面积7000余平方米，拥有自治区新疆果品加工与保鲜工程技术研究中心、自治区产学研联合培养研究生示范基地和葡萄酒生产车间，在大中型食品药品企业和研究院所建立校外实习基地18个。

近五年，主持国家级、省部级、厅局级科研项目200项，横向项目29项，获省部级及以上科研奖项10项，获得国家授权发明专利16项，实用新型专利3项。与俄罗斯、丹麦、澳大利亚、新西兰和哈萨克斯坦等国家的大学开展了国际学术交流。举办和承办2次国际学术会议和1次全国学术会议。